Es, pues, un edificio construido en ladrillo y cantería, con cabecera poligonal albergando en su interior tres naves separadas por pilares cuadrangulares donde se apoyan arcos ojivales muy apuntados. Dichas naves tienen cubiertas de madera en forma de artesa. La central se cubre con artesa de par y nudillo y lacerías, y de colgadizo en las laterales dejando al exterior tejado a dos aguas. El presbiterio conserva remates de merlones mudéjares y contrafuertes con ventanales de tracería gótica.

El altar mayor se cobija en bóveda de nervaduras y posee pinturas de hacia 1670 recientemente restauradas, representando la Anunciación, la Adoración de los Pastores, la Huida a Egipto y la Adoración de los Reyes Magos inspiradas en los modelos de Rubens.

Lo preside un retablo del último tercio del siglo XVII con calle central y laterales. En la calle central aparece un templete con columnas salomónicas que alberga una talla de la Virgen de la Mota de finales del siglo XVI. Las calles laterales están ocupadas por esculturas de San José con el Niño, San Joaquín, San Antonio de Padua y San Millán. En el ático, un relieve de la Asunción de la Virgen.

Como los Ponce de León fueron los patronos, su heráldica puede contemplarse en dicho presbiterio, especialmente a partir de la remodelación que sufrió con Don Francisco Ponce quien intervino pagando las yeserías, las pinturas murales y las hechas en lienzo junto con el retablo.

A los pies se encuentra el coro con tribuna, en alto, que es doble, en celosía de madera, el cual comunicaba con las zonas interiores de Palacio y con las dependencias del convento de clarisas franciscanas fundado por ellos en el primer tercio del XVII. Cuando se producían las fiestas litúrgicas tomaban asiento tanto la comunidad del monasterio como la familia de los Duques.

En el lado de la Epístola hay una tribuna menor de época más tardía que las anteriores las cuales corresponden al siglo XVII, en concreto, a 1674. En la nave lateral izquierda se encuentran dos capillas. Una contiene el Cristo Yacente, que es el Titular de la Cofradía conocida como Santo Entierro, talla atribuida al escultor Jerónimo Hernández y datada en 1575.La otra alberga la Virgen de la Soledad tallada por Gaspar del Águila.

En la cabecera de la nave derecha hay un retablo barroco de 1750 con esculturas de Crucificado, Virgen María y San Juan representando el Calvario y la Muerte de Jesús. Cerca de él un segundo retablo procedente, es posible, del extinto convento de jesuitas el cual fue traído a partir de 1767 cuando se produce la expulsión de esta orden del Reino cuyos bienes religiosos van a distintos templos marcheneros y, es posible, que a los pueblos de colonización de Sierra Morena en la política seguida por Pablo de Olavide con su repoblación de zonas despobladas.

En el resto del conjunto arquitectónico apreciamos grandes vacíos que estarían ocupados por otros retablos y lienzos además de esculturas diversas. Posible es que el templo al pertenecer a la Casa Ducal asumida por la Casa de Osuna en su ruina económica a partir de 1860, fuese en parte expoliado por los obligacionistas o bien otras obras religiosas pasasen a la zona conventual colindante o a distintas iglesias de la localidad. Preciso es un estudio que corrobore esta hipótesis.